Les premiers propriétaires du manoir de Locquéran étaient membres de la famille Le Rougeart et furent à la tête du domaine pendant près de deux siècles et demi (de 1455 à 1685).

Les familles Le Livec et de Mauduit s’y succédèrent jusqu’en 1846, date à laquelle Thomas-Casimir de Mauduit vendit le domaine à une famille d’agriculteurs plouhinecois alors métayers : les Autret. A cette époque, la chapelle du manoir dédiée à Saint-Jérôme semble déjà réduite à un pan de mur avec une ouverture à ogive.

Lorsqu’en 1878 Marie-Julienne Autret vend le domaine de Locquéran à Amédée de Lécluse, industriel et maire d’Audierne, le manoir a déjà subi plusieurs modifications. Parmi les plus importantes, on peut évoquer la destruction du fournil et le remaniement total du logis (date portée sur le bâtiment actuel : 1872). Cependant les nouveaux propriétaires ne souhaitent pas vivre au manoir mais dans un château qu’ils vont faire construire sur une hauteur surplombant le Goyen, au nord-ouest de leur domaine (l’actuel château de Locquéran).

Les bâtiments de l’ancien manoir semblent avoir poursuivi leur nouvelle vocation agricole jusque dans la seconde moitié du 20e siècle (cf. photographie de l’Inventaire Général prise en 1970 montrant plusieurs pots à lait devant la porte d’entrée).

En 2020 les bâtiments ont été restaurés et se trouvent en bon état, mais il n’y a plus aucune trace de l’ancien manoir et de ses dépendances.