Tréflez serait une ancienne trève de la paroisse primitive de Plounévez[-Lochrist] ; en breton Tréf désigne une subdivision de paroisse. Associé à lez qui signifie la cour, le nom signifie donc la « trève de la cour » ; l'étymologie en devient encore plus évidente en 1427 dans une traduction latine : Tribus Curiae.

Son nom, mentionné au 9e siècle dans la vie de saint Judicaël, prend ensuite différentes appellations : Tribu Lisiae au 11e siècle, Guint Les ou Gwic Les vers 1330 ; Guint ou Gwic proviennent du latin Vicus qui signifiait en breton le bourg.

Le bourg de Tréflez se situe dans la partie nord-ouest de la commune et domine la partie basse de palud arrachée à la mer dans le courant du 19e siècle. Un chemin ouest-est passait au nord de l’église qui constituait le noyau du bourg. Le nord est surtout occupé par le presbytère qui, sur le cadastre de 1836, évoque un ancien petit manoir si l'on considère la taille des parcelles qui l'entourent. Les autres constructions sont établies au sud de l'église, en petits noyaux.