Le Musée de la Mer de Paimpol a été créé à la fin des années 1970, par des bénévoles, constitués en association. Son premier président et instigateur fut Jean Le Meur, adjoint à la culture du maire de Paimpol, Max Querrien. Le musée fut installé à l'emplacement de l'ancienne école hydrographique de Paimpol, à proximité de la digue du Champ de Foire. En 1990, il fut déménagé dans le bâtiment de l'ancienne sècherie à morue, rue Labenne. Cette sècherie avait été construite vers 1880, par le comte de Labenne (fils naturel de Napoléon III), avec l'appui de l'armateur Le Goaster et de Charles Tellier (inventeur des chambres frigorifiques à bord des navires). Elle n'a néanmoins pas fonctionné en raison du décès de son initiateur en 1882. Les bâtiments ont été vendus en 1891, utilisés par la suite pour servir de menuiserie puis de voilerie en 1946 jusqu'en 1981 (Louis Dauphin). Louis Dauphin installa un magasin d'accastillage dans la sècherie. Une quinzaine d'ouvriers voiliers travaillaient dans ces entrepôts assez exigus pour livrer les voiles aux marins-pêcheurs et aux plaisanciers. Ces anciens bâtiments communaux, réaménagés en 1990, sur l'initiative de la municipalité de Paimpol, avec le conseil d'un architecte, abritent aujourd'hui des collections très différenciées sur les thèmes suivants : histoire maritime de Paimpol, la grande pêche, le commerce maritime au 20ème siècle (Marine marchande), la signalisation maritime et la construction navale. Quelques oeuvres sont classées. En 2000, sur la demande de la mairie, un premier inventaire scientifique des collections a été réalisé avec le soutien du Département et de la DRAC, avec l'appui du conseiller au musée. Une nouvelle muséographie a été mise en place. La mairie a contacté une convention avec l'association des amis du Musée. Cependant, en 2003, la nouvelle municipalité ave l'association a fait disparaître une grande partie de ces éléments scénographiques et réaménagé la présentation des collections. Un nouvel inventaire des collections est en cours en 2010. Le musée n'est pas reconnu par les musées de France, en qualité de musée contrôlé.