Le prieuré Saint-Jean (anciennement Sainte-Croix) auraient été fondés au 12e siècle (en 1160) à la demande du seigneur Derrien, par des moines de l'abbaye Saint-Melaine de Rennes. Dans la deuxième moitié du 13e siècle, le prieuré est subordonné à l'abbaye Sainte-Croix de Guingamp (acte de l'abbaye). En 1682, le prieuré est uni, quant à son bénéfice, au séminaire de Tréguier. Le prieuré possède plusieurs dîmes à La Roche-Derrien, Pommerit-Jaudy et Plouguiel ainsi qu'une rente qu'elle perçoit sur chaque bateau transportant du sel et déchargeant au port de Tréguier ou de La Roche-Derrien.

Seul vestige de l'ancien prieuré, la chapelle actuelle est édifiée sur le Tertre Saint-Jean, probablement au 14e siècle comme en témoigne la porte sud en arc brisé à trois voussures (remployée) et le remplage de la baie du chevet. L'édifice est reconstruit au début du 17e siècle comme en témoignent le pignon ouest et la date 1603 sculptée sur la porte. Deux oeil-de-boeufs sont percés au 18e siècle sur les façades nord et sud pour éclairer les boiseries et le retable du choeur nouvellement mis en place. Le colombier ruiné situé à quelques mètres au nord-ouest de la chapelle faisait partie du prieuré Saint-Jean.

En 1710, le prieuré de La Roche-Derrien est encore mentionné, imposé comme toutes les seigneuries et fiefs ecclésiastiques et laïques de l'évêché de Tréguier. En 1793, le procès verbal de vente du prieuré Saint-Jean ne mentionne, en dehors du colombier, de la chapelle et d'une maison, aucun autre bâtiment ni le cimetière. Le cadastre de 1836 confirme la disparition du prieuré.