L'abbaye de Boquen est installée en fond de vallée sur un espace marécageux que les religieux vont s'efforcer de drainer. Ils détournent un affluent de la rivière de l'Arguenon, le Gué Brien, qui contourne l'enclos monastique tout en alimentant les anciens viviers à l'intérieur de la clôture. La seconde adduction en eau de l'abbaye provient d'une fontaine située au cœur de la forêt de Boquen. L'eau de la source était acheminée par un canal vers une citerne qui la distribuait vers le cloître. Les canalisations passaient sous l'église pour déboucher à l'intérieur du cloître en direction du lavatorium. Un égout passait sous les latrines à l'extrémité de l'aile du dortoir pour se déverser dans le grand vivier. Au sud ouest de l'enclos, l'eau du grand étang faisait tourner la roue du moulin à blé à partir une cascade encore visible et d'un coursier aujourd'hui disparu. L'eau se jetait dans un déversoir vers le cours d'eau plus au nord.