Le magasin à poudre de Penn ar C'hleguer est implanté à une quarantaine de mètres en arrière de la batterie de côte vers le Nord-est. De plan rectangulaire, l’édifice est construit en maçonnerie de granite. Voûté et couvert en pavillon en moellon de granite et mortier, il comprend une ouverture de porte à double feuillure, extérieure et intérieure (pour accueillir deux portes afin de renforcer l'étanchéité du magasin) dans son pignon Nord, deux petites baies dans son pignon Est, une grande fenêtre au Sud du côté du chenal de l’Île de Batz et une petite baie et un jour de ventilation dans son élévation Ouest. Seuls la porte et le jour de ventilation semblent d’origine, le magasin à poudre ayant été transformé en poste de surveillance durant la Seconde Guerre Mondiale.