Situé à l'est de l'île, le port de Molène est abrité par l'île de Ledenez vraz. La première demande "de chaussée ou quai pour empêcher que la mer [ne] pénètre sur l'île et empêche les ravages" remonte au 3/04/1789, date de rédaction des cahiers de Doléances de Molène. L'accord de réaliser les travaux de construction d'une digue (75 mètres) permettant de mettre à l'abri des courants les bateaux au mouillage est donné en 1861 par délibération du Conseil Général du Finistère. Les travaux concernant la digue et la cale sont terminés en 1865.

Le terre-plein (43 mètres) et la digue (80 mètres) construits au nord de la première digue complètent l'ensemble portuaire en 1963.

La présence d'infrastructure permettant de protéger le trait de côte a rendu possible la constructions d'habitation et de commerce à proximité du môle devenu lieu incontournable de passage pendant plusieurs décennies. L'architecture près du môle appartient à une typologie portuaire et urbaine de la seconde moitié du 19e siècle.