Le Centre de nautisme et de plein air du Moulin Mer voit le jour en 1961 sous la forme d'une association loi de 1901, à l'initiative d'un enseignant de Daoulas, Jacques Kerhoas. Deux premières tranches de travaux, d'un montant subventionnable de 54 010,35 F, sont réalisées en 1962 (réfectoire et bloc sanitaire) et 1963 (dortoir). La maîtrise d'ouvrage est assurée par la Fédération des Œuvres laïques du Finistère, sur un terrain loué aux Ponts et Chaussées du Finistère (arrêté d'occupation temporaire du domaine public maritime du 27 novembre 1961, porté à 18 ans le 18 septembre 1962). Une troisième tranche prévoyant la construction d'un dortoir pour les filles, d'une salle de jeux, d'un dortoir de moniteurs, d'un local pour la direction et l'infirmerie et d'un autre pour l'économat et la réserve, bénéficie d'un arrêté d'approbation technique le 28 décembre 1964 et, deux jours plus tard, d'une promesse de subvention de 46 500 F au taux de 48,35%. Ces travaux sont achevés en 1966. En 1972, l'étude d'une extension du centre au nord du site est confiée à l'architecte C. Petton. Le 23 mai 1977, un marché de gré à gré est passé entre celui-ci et le SIVOM de la région de Daoulas pour la mission de maîtrise d’œuvre du centre d'initiation à l'environnement. La réception provisoire des travaux est prononcée le 24 avril 1978 et la réception définitive le 13 juin1979. Une rénovation complète du site est confiée en 2002 à l'architecte quimpérois F. Francès. Depuis 2004, le centre est géré par l'association Don Bosco, dans le cadre d'une délégation de service public. Le contrat a été renouvelé pour dix ans en 2014.