Mad Danguy des Déserts, présidente de l'association de patrimoine Ar Faou, a effectué des recherches sur les moulins de la région du Faou et a relevé la première mention du moulin des Salles, moulin à marée à roue verticale, dans un bail de 1508. Il est mentionné ensuite en 1550 comme faisant parti du domaine du manoir des Salles, domaine cédé à féage par le vicomte du Faou à son maître d'hôtel, Jehan Nicolas.

Treize ans plus tard, en 1563, le vicomte reprend le domaine pour l'offrir à sa demi-soeur, Jeanne de Kerlabot. Cette dernière aura quatre filles avec Jacques Plumelot, dont l'une d'elles, Catherine épouse Jacques le Bot en 1601. Le moulin passe alors dans l'héritage de leurs descendants puis à la famille Conen en 1758.

En 1635, Jacques du Bot déclare posséder plusieurs biens sur le fief de la comtesse du Faou, Marie-Françoise de Guémadeuc mais il ne mentionne pas le moulin à marée.

En 1735 le moulin à marée est à nouveau évoqué par les frères Jan et Corentin Tarquis qui déclarent posséder notamment « un emplacement sur le bord de la mer où il y a eu anciennement un moulin nommé « meil vor ar sal » avec issue et étang qu'on appelle ar palude, contenant en fond quatre cent deux cordes et trois quarts » (Mad Danguy des Déserts, d'après le document d'archive AD Finistère 4E77/9). Ce moulin ne fonctionnant pas à l'époque, les deux frères paient une taxe supplémentaire au Seigneur Bot pour pouvoir moudre librement ailleurs. Parallèlement, ils mentionnent le projet de réédification du moulin de Salles, qui sera évoqué par plusieurs générations de Tarquis par la suite.

Gilles Conen de Saint Luc et sa femme Françoise le Bot, derniers propriétaires du moulin périrent au moment de la révolution emportant avec eux le projet de sa réédification.

Sur le cadastre de 1845 le moulin des Salles n'apparaît plus, aujourd'hui il n'en reste plus aucune trace, mais la configuration des lieux et la végétation actuelle laissent supposer que l'étang qui constituait sa réserve d'eau se situait non loin de l'île d'Arun.