Avant l’apparition des quais au sud de Pennanguer bâtis entre 1835 et 1838, le débarcadère primitif de Pont-Croix se situait, selon Roger Gargadennec, à l’anse de Porz an Listri, un peu plus en amont de la rivière. Le chargement et le déchargement des marchandises se pratiquait à marée basse. Le trafic était alors très actif et on exportait jusqu’en Espagne.

De cet âge d’or il reste quelques traces le long de la rivière, notamment à travers les anciens « magasins » (greniers, celliers et entrepôts) dont certains sont encore visibles aujourd’hui. En 1790, deux se trouvaient à Pen Ar C’han (aujourd’hui disparus ou totalement remaniés) et cinq à Pennanguer dont le « magasin du Marquis » (21 et 23 rue du quai) transformé en deux habitations à la fin du 20e siècle.

Selon les descriptions qu’il en est fait à cette époque, ces bâtiments étaient composés d’un cellier en rez-de-chaussée surmonté d’un grenier avec corps de logis pour certains d’entre eux. Tous possédaient également un jardin, parfois même un verger.

Dans sa première version de 1856, le pont qui traverse le Goyen en aval au niveau d’Audierne possédait une travée mobile en son centre qui permettait aux bateaux de remonter l’estuaire vers Pont-Croix. Mais l’activité du port avait déjà fortement diminué. Le pont actuel datant des années 1970 empêche tout bateaux de remonter la rivière.

En 2020, les quais de Pennanguer accueillent promeneurs, pêcheurs et quelques kayakistes tandis que les deux anciens magasins toujours en élévation et ayant conservé leurs caractères architecturaux d’origine ont été remaniés en habitations.