Le réseau des voies ferrées n'a cessé de se développer depuis la création du port de commerce, structurant le parcellaire du terre-plein créé. Les axes routiers actuels du port sont une conséquence directe du réseau des voies ferrées validé en 1869.

Le plan général du port de Brest, joint au décret du 17 mars 1869, positionne les digues, les bassins et les axes du chemin de fer desservant le port de commerce (dénommé chemin de fer maritime). Une connexion est prévue entre Porstrein et le port militaire de la Penfeld par un contournement nord du château. Le 29/12/1894, la Compagnie de L'Ouest obtient la concession des voies ferrées portuaires ; compagnie remplacée en 1909 par le réseau des chemins de fer de l'Etat. La jonction avec la ligne Paris-Brest s'effectuait à la gare du Rody (moulin-blanc).

La nécessité de déployer une logistique efficace suite à l'arrivée des soldats américains en 1917 a été un des accélérateurs du développement du réseau ferré sur le port de commerce : le jardin public situé au parc à chaînes est par exemple supprimé. En 1931, la modernisation de l'appontement du quai de la Santé (quai Malbert) crée de nouvelles voies ferrées.

Le plan de 1946 reprend le tracé du réseau d'avant-guerre. Le réseau du chemin de fer maritime est associé aux quais, aux lieux de stockage (entrepôts) et à la zone de triage.

Ce n'est qu'en 1999, lors du déplacement de la gare de marchandises vers la rue de Kiel, que l'aménagement de ce qui fut une zone portuaire pris une orientation urbaine.

Aujourd'hui, les voies ferrées situées sur le secteur du port de commerce, anciennement port Napoléon, sont à l'état de vestiges ; transformées parfois en pistes cyclables ou traversées par le réseau routier. Il en va de même des rails de grues.

L'activité actuelle de fret se situe dans la partie Est du port actuel de commerce de Brest.