La reconstitution du 19e siècle donne une première représentation du sanitat, de plan en L, qui semble correspondre à son état après l'extension de 1657, mentionnée par Guillotin de Corson. La construction du canal qui relie l'hôpital à la Vilaine (actuel boulevard Sébastopol), constitue la deuxième étape de l'aménagement du site.
En 1778, la construction de l'aile est, reliant l'hospice des religieux construit en 1767, donne à l'édifice un plan en U. La chapelle reste une construction isolée au centre de la cour ; de vastes jardins permettent l'approvisionnement du sanitat devenu hôpital général.
Après son affectation à usage d'arsenal et de caserne (précisé sur le plan de 1854), l'édifice subit d'abord des agrandissements puis des transformations importantes.
Bien que Guillotin de Corson situe la démolition de la chapelle en 1839, celle-ci n'apparaît plus sur le plan de 1830. Les agrandissements de 1846, signalés par Guillotin de Corson, semblent correspondre au plan de 1846 où apparaissent ateliers et magasins. Le plan de 1854 ne figure pourtant que deux ateliers à l'ouest. Deux nouveaux bâtiments, figurés sur les plans de 1861 et 1877, sont construits à l'est.
Dans le dernier quart du 19e siècle, l'édifice fait l'objet de profondes modifications comme le montre la comparaison des plans de 1877 et de 1880 ; l'ensemble est alors relié à la cartoucherie de la Courouze par une voie ferrée. Les plans du 20e siècle attestent des agrandissements ultérieurs jusqu'à sa démolition dans le dernier quart du 20e siècle.
Conçu pour abriter les pestiférés et donc implanté à l'écart de la ville, le lazaret, doté d'un aménagement hydraulique qui permet son alimentation en eau, est affecté à un nouvel usage après la disparition des épidémies. Dès le début du 17e siècle, on y enfermera les mendiants et les vagabonds, de plus en plus nombreux, qui rendent nécessaire la construction de nouveaux bâtiments. Les lettres patentes de 1679, qui lui donnent le statut d'hôpital général dont la création fait suite à l'édit de 1656, ne fait qu'officialiser une pratique déjà engagée à la suite d'un arrêt municipal de 1608. L'édifice constitue un exemple des mutations propres au patrimoine hospitalier. Tout en reflétant les priorités de la période révolutionnaire, son affectation à usage d'arsenal correspond au recentrement des fonctions hospitalières, qui permet de libérer de vastes terrains, aux abords de la ville.
Comtesse