Le manoir de Bonnais représente un élément architectural majeur de Le Verger. Le terme de château qui lui est parfois donné dans certains ouvrages ou textes est inapproprié car il s'agit historiquement d'un manoir noble ou d'une maison forte.
L'occupation du site est très ancienne comme l'indique la présence d'une ancienne motte castrale, également appelée motte féodale. Les origines de cette motte remonteraient aux Xe-XIe siècles. Ce type de système défensif correspond aux prémices des châteaux forts médiévaux. Dans sa configuration initiale cette motte castrale était composée d'une construction bâtie en bois à son sommet. Le système défensif était assuré, comme pour la plupart des mottes castrales, d'une palissade, d'une muraille de bois qui se développait sur toute sa circonférence ainsi que de douves remplies d'eau. Les fossés entourant la motte existent toujours aujourd'hui. A partir du XIIe siècle cette motte perdit son rôle défensif. Elle est souvent associée, à tort, à un tumulus dans les anciens documents historiques.
La motte étant devenue inutile, elle fut remplacée au XVe siècle par la construction d'une fortification en pierre. Cette première maison forte réalisée en schiste correspond actuellement à l'ensemble de la partie ouest du manoir, qui est composée de deux tours de plan carré ainsi qu'un édifice attenant nommé « le cavalier » en forme de tourelle carrée, équipée de latrines à l'étage. Ces deux tours renferment deux pièces basses et deux pièces hautes. Également, ces deux tours et la tourelle-cavalier sont équipées de systèmes de défenses, dont des meurtrières pour apercevoir les éventuels assaillants.
Le manoir fut agrandi vers la fin du XVIe siècle et le début du XVIIe siècle. A cette époque le grand corps de logis fut réalisé et permit d'agrandir la façade principale nord de trois travées supplémentaires. La marque de rattachement entre la partie ancienne du XVe siècle et celle du début du XVIIe siècle est nettement visible, notamment avec l'existence d'une ancienne chaîne d'angle. Le grand logis est éclairé par de grandes fenêtres régulièrement espacées.
Peu de modifications ultérieures changèrent l'aspect extérieur de l'édifice après le XVIIe siècle. Seule une fenêtre fut bouchée sur la façade sud pour une question de symétrie. Des transformations furent toutefois entreprises vers le milieu du XIXe siècle. En effet, une tourelle renfermant un escalier à vis fut détruite en 1840. A cette époque, l'essentiel des modifications prit place à l'intérieur avec la création d'un couloir à l'étage pour desservir les chambres indépendantes. Enfin, entre la fin du XIXe siècle et le début du XXe siècle, une école de filles occupa le manoir. Elle fonctionna jusqu'à l'ouverture de l'école primaire publique des filles.
La chapelle du manoir de Bonnais correspond au bras nord du transept de l'église actuelle.
