Le cimetière devait s'inscrire dans l'enclos de l'église paroissiale, toutefois, il figure dès 1827 sur le cadastre napoléonien à son emplacement actuel. Des fouilles archéologiques ont révélé une importante nécropole du Haut Moyen Age au Bourg Saint-Pair dans sa proximité nord ; la découverte de plus d'une centaine de sépultures en sarcophages ou en coffres pour une estimation totale de près de 500 exemplaires permet de supposer, selon Jean-Claude Meuret, que la densité de la population du Haut Moyen Age peut être, dans une certaine mesure, comparable à l'actuelle.