Le village de Lillemer est implanté sur un monticule qui présente la forme d'une ellipse. Cette butte est orientée nord-est/sud-ouest, avec de fortes pentes latérales et un dénivelé d'une dizaine de mètres entre son point le plus haut et le marais environnant. L'habitat s'est développé autour d' une voie transversale qui coupe le sommet du promontoire et une voie périphérique qui le ceinture. Le flanc nord a été largement entamé par des carrières modernes, tandis que le cimetière s'est implanté sur le flanc sud. L'intérêt du village demeure lié à cette configuration particulière qui n'est pas sans rappelé le Mont-Dol, situé également dans une zone de marécage. Des fouilles récentes ont permis de découvrir d'importants vestiges du néolithique moyen. Ces découvertes inattendues sont très intéressantes pour l'archéologie du bâti et situent Lillemer parmi les sites majeurs du département, pour cette période chronologique. En ce qui concerne l'érection de la paroisse, elle date de la fin du 13e siècle sous l'épiscopat de Thibaud de Pouencé de 1280 à 1301. Ce territoire temporel de l'évêché de Dol, appelé également le régaire de Dol ou territoire épiscopal se trouvait dans les enclaves de la seigneurie de Châteauneuf d'Ille-et-Vilaine et dans celles de la seigneurie de Combourg. L'évêque y possède un fief et des moulins banaux implantés sur la butte. Leurs masses circulaires se voyaient encore sur les plans des anciens cadastres napoléoniens. De cette période médiévale ne subsiste aucun vestige. Le pouillé de la paroisse de Tours imprimé en 1648 mentionne aussi une maladrerie. En 1790, le recteur M. Pigeon déclare qu'il jouit du presbytère avec son jardin et son colombier. Ce logis presbytéral a été remanié aux époques ultérieures comme la plupart des logis du centre bourg. L'église actuelle dédiée à Saint-Eloi est édifiée en 1837 dans un style néo classique.