Le moulin de Kervilio a été reconstruit au 19e siècle sur l'emplacement d'un moulin daté de 1456, édifié après un accord entre les Seigneurs de Pontsal et de Kervilio. Cette décision est rapportée dans l'accord du 4 août 1456 entre Yves de Pontsal, évêque de Vannes, et un certain Olivier de Bodoiec.

Les travaux effectués par l'actuel propriétaire du moulin lui ont permis de mettre à jour de nombreux remaniements, notamment sur la façade amont qui aurait permis de dater le moulin. Par ailleurs, les éléments historiques qu'il a pu relevé lui permettent d'affirmer que le moulin a été habité par son propriétaire au tout début du XIXe siècle, vers 1822. Autant d'éléments qui lui font proposer une datation antérieure au XIXe siècle.

Après la Révolution, le moulin changea maintes fois de propriétaires avant d'être de nouveau rattaché en 1825 au manoir de Kervilio, alors détenu par la famille de La Bourdonnaye. Il ne fut rattaché à la commune du Bono qu'en 1957.

Emile Chapelain, le dernier meunier, maçon de formation, arrêta son activité en 1960, faisant du moulin de Kervilio un des derniers en activité dans le Morbihan. Tout le potentiel du moulin n'a cependant pas été utilisé jusqu'à cette date. Emile Chapelain est à l'origine de quelques remaniements sur le moulin, notamment l'utilisation de ciment pour le rejointement des murs.

L'accord initial entre les deux seigneuries a été la source de nombreuses particularités dans la gestion du moulin. Sur la question des accès, l'accord du 4 août 1456 précisait par exemple que les tenanciers du moulin ne pouvaient aller chercher leur grains ou porter leur farine qu'en passant par les terres de Pontsal, et « en aucune façon ils n'étaient autorisés à emprunter « sente voye ni chemin » des seigneurs de Boyodec ». Ce partage du moulin se traduisait également par d'autres arrangements : la « pierre à coroy », utilisée pour construire la digue et le moulin était prélevée dans une carrière de Kervilio. En échange les Pontsal permettaient l'utilisation des « paluts, joncs, herbes et autres leves et profits » mais se réservaient la pêche de l'étang. Enfin cet accord précisait également que les Pontsal et leurs successeurs avaient priorité sur les Boyodec lorsqu'ils venaient pour moudre leur grains, et ceci « à perpétuité ».

En 1850, la digue du moulin est transformée en route départementale mais Monsieur de la Bourdonnaye en reste le propriétaire, ne cédant qu'un droit de passage aux Ponts et Chaussées, la cession définitive n'ayant eut lieu qu'en 1911. L'aménagement nécessite d'abattre trois chaumières qui dépendent du moulin mais le droit de passage assura l'entretien de la digue.

Outre l'activité de meunerie, le moulin comprenait une cave à cidre et un logement à pressoir. Il comptait également dans ses alentours des cultures de chanvre. Le roseau, la vase et la marne étaient aussi extraits de l'étang pour être utilisés. Comme évoqué précédemment on pratiquait la pêche dans l'étang, activité dont la production doit être partagée entre le meunier et le châtelain au moins jusqu'en 1986.