Peu après la reconstruction de l´église par l´architecte Anger de La Loriais, qui s´achève en 1849, les principales pièces du mobilier sont mises en place. Tandis que le maître-autel est racheté à l'église Notre-Dame de Rennes dès 1850, la paroisse passe une importante commande à l´ébéniste rennais Jean-Julien Hérault qui réalise successivement la chaire à prêcher (1849), les autels secondaires nord et sud, dédiés à la Vierge et à sainte Anne (1851) et, quelques années plus tard, en 1859, l´ensemble des boiseries du choeur, stalles, niches et lambris. Cet ensemble, remarquable par sa qualité d´exécution, est conçu dans un style néogothique s´accordant au parti architectural de l´édifice et reçoit en complément une série de statues de plâtre polychrome. Celle de l'Education de la Vierge est due au sculpteur rennais Jean-Marie Valentin et fut acquise en 1861, pour 250 F. A la même époque sont mis en place le chemin de croix, les fonts baptismaux (1856), les bancs, le siège de célébrant avec deux tabourets (1860) et les meubles de la sacristie, le reste du petit mobilier et des objets liturgiques étant acquis progressivement durant le 4e quart du 19e siècle. En 1883, les maîtres verriers Lecomte et Colin de Rennes réalisent les verrières de la nef, puis, en 1891, les trois du choeur ; ces dernières reçoivent un traitement privilégié en regard de celles du transept (non datées), où la surface de décor géométrique est dominante. La majeure partie des ornements liturgiques et des textiles aujourd´hui conservés, de même que les bannières, les lanternes et croix de procession ou les garnitures d´autel, sont acquises à la fin du 19e et surtout au début du 20e siècle. En 1934, les paroissiens offrent une croix monumentale en souvenir du jubilé de la Rédemption tout en respectant le style de la décoration intérieure.
Dans son ensemble, le mobilier de l´église témoigne d´un aménagement assez homogène réalisé durant la seconde moitié du 19e siècle ; pourtant quelques éléments rappellent l´histoire ancienne de la paroisse. Hormis deux dalles funéraires du début du 19e siècle, l´église conserve les fragments d´une statue de son saint patron, saint Jean-Baptiste, et d´un Christ en croix, deux vases sacrés des 17e et 18e siècles ainsi que deux confessionnaux de style rocaille et deux tableaux placés de part et d´autre du choeur, datant du 18e siècle. Le tableau du Baptême du Christ ornait certainement le retable des fonts baptismaux de l´ancienne église ; il est peut-être de la main du peintre rennais Duparc qui signe le tableau de Sainte Véronique en 1741.
Par convention, on considère que l'église est orientée est-ouest ; les verrières sont numérotées impaires au nord, paires au sud, en commençant par l'est. Aucun dossier sur les cloches n'a été ouvert lors de cette enquête.
