La première église se trouvait, semble-t-il, en dehors du bourg, non loin de la route de Saint-Malo.
La deuxième église, dans son ensemble, datait du 16e siècle. Son mobilier, mises à part quelques oeuvres qui nous sont parvenues, ne nous est plus connu que par les textes, essentiellement les comptes de la fabrique faisant partie des archives municipales.
Un témoignage du 18e siècle décrit la grande verrière de style rayonnant, ornée de nombreuses armoiries. Dans la rose centrale, la figure du Christ est accompagnée de deux écussons semblables appartenant à la famille Le Gobien : coupé au 1 d'argent à trois têtes de loup arrachées de sable, lampassées de gueules, au canton d'azur chargé d'un croissant d'or ; au 2, d'argent à trois fasces ondées d'azur. Dans les rayons de la rose, douze écussons ; six appartenant à la famille Sioch'ian : de gueules à quatre pointes de dard en sautoir, passées dans un anneau en abîme, le tout d'or ; et six à la famille Artur : d'azur au croissant d'or surmonté de deux étoiles de même. Au-dessus, divers écussons portant des armoiries de familles non identifiées. Tout en bas, un seul blason : écartelé aux 1 et 4 d'azur au léopard d'argent, aux 2 et 3 d'argent à la fasce d'azur accompagnée de six molettes de sable, trois en chef, trois en pointe, sur le tout de Le Gobien.
C'est surtout à la fin du 17e siècle et pendant la première moitié du 18e que l'ameublement de l'église s'enrichit. En 1634, Servanne Le Gobien, dame de Launay-Quinart, donne une rente de 15 livres, un tableau et un calice d'argent doré pour contribuer à l'établissement de la confrérie du Rosaire. En 1635, elle fonde une messe chantée le dimanche ; en 1702, Pierre Poudemer, menuisier ou sculpteur, fabrique l'autel du Rosaire. En 1661, c'est la confrérie de saint Jean-Baptiste, patron de la paroisse, qui est établie.
En 1683, Jacques Bonhomme, architecte, menuisier et maître sculpteur, est payé 183 livres pour la fabrication d'une balustrade. En 1690, les habitants de la paroisse passent un marché avec Jacques Rousseau La Fosse, architecte et maître menuisier à Rennes et Dol-de-Bretagne, pour la construction du maître-autel et la reconstruction de l'autel de la Vierge, moyennant 650 livres ; en 1694, la fabrique fait appel au doreur Châtelier, pour dorer le retable et le tabernacle ; le doreur Oger interviendra sur l'autel de la Vierge en 1768. Les archives précisent qu'en 1705 les menuisiers charpentiers Pierre Poinsel et Olivier Chevalier fabriquent un lambris pour l'église.
La chapelle nord, dédiée à Notre-Dame de la Délivrance, n'est pas en reste : en 1642, une messe y avait été fondée le jeudi par Jean Briand et Olive Raffray ; l'autel fut refait en 1689 et la chapelle elle-même, reconstruite en 1737 à l'initiative de la fabrique.
Pendant la première moitié du 18e siècle, trois cloches sont fondues pour la paroisse ; la première en 1705 par le malouin Charles Huet de la Fosse ; la deuxième, par Guy Reusse, en 1722 ; la troisième en 1753, par les fondeurs lorrains Jean-Baptiste et Nicolas Mongeot. Seule la deuxième a été conservée ; restaurée en 1901 par le fondeur Durand-Chambon de Montargis, elle a été classée Monument historique en 1919 ; elle est aujourd´hui déposée dans l'ancienne chapelle des fonts.
Chez Guillaume II Hamon, sieur de La Ville Perche, qui appartient à l´une des deux plus importantes familles d'orfèvres malouines, la fabrique se procure un calice en 1707, un encensoir en 1714 et fait réparer une croix en 1719. Quant aux ornements, un premier marché est passé en 1710 avec la brodeuse Jeanne Bocher, un second, en 1744, avec le brodeur malouin Millet.
Le maître-autel, refait en 1812 par Julien Mentec et peint en 1813 par Brindejonc, probablement à la suite des troubles révolutionnaires, a disparu.
L'église actuelle de Saint-Jouan-des-Guérets a été construite par l'architecte malouin Franjeul entre 1861 et 1872, année de sa bénédiction. En 1873-73, le sculpteur rennais Jean-Julien Hérault construit, en pierre, le maître-autel, dont il ne reste plus aujourd'hui que la table de granite, déplacée dans la chapelle nord. Il comportait un bas-relief représentant la Cène, un tabernacle à ailes et, au sommet du retable, un groupe sculpté figurant le Baptême du Christ, par le sculpteur Paul-Louis Savary. En 1878-79, Hérault fournit encore l'autel-retable secondaire nord, dédié à Notre-Dame de la Délivrance ; il est orné, sous l'autel, d'un bas-relief montrant des paroissiens qui offrent un bateau votif à la Vierge, et dans le tympan, d'un autre bas-relief consacré au Couronnement de la Vierge. Les statues de calcaire de sainte Anne et de saint Joachim encadrent un tableau central qui a été remplacé et dont on ne connaît pas l'iconographie d'origine. L'ensemble de l'autel-retable sud est l'oeuvre du sculpteur rennais Jean-Marie Valentin, en 1884 ; il est dédié à saint Joseph, dont la statue est entourée de celles de saint Pierre et de saint Jean de la Croix. Deux clôtures du milieu du 19e siècle et provenant de l'ancienne église ont été remployées pour isoler les autels. C´est le même sculpteur, Valentin, qui avait exécuté la chaire à prêcher, en 1880. Avec son escalier à double volée, sa cuve portant des bas-reliefs du Christ et du Tétramorphe et des statuettes de saint Pierre et saint Paul, son dosseret orné de la Prédication de saint Jean-Baptiste et son abat-voix surmonté d'un ange portant un livre, c´était une oeuvre monumentale qui fut détruite pendant les années 1970, en même temps que l'on se débarrassait du maître-autel... En 1892, sont installées les deux volées de stalles ainsi que la clôture de choeur en fer forgé et peint.
L'église vient d'être restaurée ; on a pu ainsi mettre en valeur une statue de Vierge à l'Enfant de la fin du 14e siècle, dont les têtes sont malheureusement refaites (dans le choeur) et un bénitier orné de têtes de satyre, dans le style de la Renaissance (dans le bas de l´église) ; la présence de ces deux oeuvres de marbre blanc de très belle qualité s´explique sans doute par les relations commerciales dues à la proximité de la Rance et de Saint-Malo. Il ne reste plus qu'à réinstaller les trois ex-voto maquettes de bateaux, deux terreneuvas et une goélette franche, symboliques de la vie maritime de la commune.
Lors de cette enquête, il n'a été ouvert aucun dossier sur les cloches encore en place et le décor sculpté porté par l'architecture. Par convention, on considère que l'église est orientée est-ouest ; les verrières sont numérotées impaires au nord, paires au sud, en commençant par l'est ; les verrières orientales portent les numéros 0 et 100, la verrière occidentale le numéro 00.
