Un aveu au roi datant de 1699 émanant de dame Louise Allain, veuve du Marquis de Ploeuc, décrit le manoir de Poulguidou et y mentionne l’existante d’un moulin. Cependant, le bâtiment que l’on observe aujourd’hui semble plus récent (première moitié du 19e siècle).

Ce dernier, signalé sur le cadastre de 1836, y est représenté avec deux paires de meules. Il est exploité alors par la famille Piriou, propriétaire des deux moulins à eau de Keridreuff (Plouhinec jusqu’au milieu du 20e siècle puis Pont-Croix) puis de la minoterie quelques décennies plus tard.

Au vu de sa position stratégique à la sortie de l’étang de Poulguidou, le moulin, dit également Meil a lenn (le moulin de l’étang), a été transformé en une « maison à vannes ». Cette nouvelle fonction consistait à ouvrir ou fermer la vanne de l’étang pour alimenter ou non le ruisseau dit Stang Vihan sur lequel se trouvent une petite dizaine de moulins à eau.

Le bâtiment a également abrité un petit commerce jusque au milieu du 20e siècle.

Aujourd’hui en ruines, le moulin de Poulguidou est au cœur d’un programme départemental de valorisation du site.