La commune de Saint-Jean-sur-Couesnon s'étend sur un peu plus de 1830 hectares ; elle comptait 1056 habitants en 2008.
Le territoire de la commune est traversé par plusieurs cours d'eau : le ruisseau du Pissot, du sud au nord en partie centrale, et la rivière le Général, du nord au sud en partie est du territoire. Le Couesnon marque la limite nord de la commune avec Saint-Marc-sur-Couesnon. Il constituait également la limite naturelle entre les baronnies de Vitré et de Fougères.
Le village de Saint-Jean-sur-Couesnon est d'ailleurs excentré par rapport au territoire car il se trouve à l'extrême nord, en limite de Saint-Marc-sur-Couesnon. Le territoire de la commune s'étend jusqu'aux portes de la ville de Saint-Aubin-du-Cormier (cf. lieu-dit Plaisance).
Le sous-sol de cette commune est composé de quartzite et de schiste au nord. La nature du sous-sol de cette commune est en effet différente de celle des communes situées plus au nord (Saint-Marc-sur-Couesnon, Saint-Christophe-de-Valains), dont le sous-sol est composé de granite et des communes situées au sud (Saint-Aubin-du-Cormier, Livré-sur-Changeon), dont le sous-sol est composé de grès.
Les bâtiments situés dans cette commune sont donc majoritairement construits en schiste, en grès et en granite, toutefois, certaines parties de bâtiments sont réalisées en pans de bois (mélange de terre et de paille appelé torchis, enroulé autour de quenouilles, baguettes en châtaignier) ou en bauge (technique consistant à élever un mur en terre et paille par levées successives de 50 à 80 centimètres de haut sans utiliser de coffrage). Un bâtiment du village (nord-est de l'église) portant la date de 1838 sur une ardoise du faîtage conserve une dépendance réalisée en bauge.
La route nationale 12 traverse le territoire de la commune du nord du sud. Avant la mise en service en 2003 de l'autoroute des Estuaires (A84), il s'agissait d'un axe de communication majeur, reliant Rennes à Caen.
A la fin du 18e siècle, le territoire de la commune était décrit comme composé de terres en labour, de prairies, de landes et de quelques petits bois. Le territoire était couvert d'arbres et de buissons et produisait à l'époque beaucoup de cidre. Au milieu du 19e siècle, il existait trois moulins à eau sur le territoire de la commune : le moulin de Saint-Jean, du Général et de la Pâquerais.
L'église de Saint-Jean, dédiée à saint Jean-Baptiste, fut donnée au 11e siècle à l'abbaye de Saint-Florent en Anjou qui y établit un prieuré. Bien qu'il n'en subsiste aucune trace aujourd'hui, ce prieuré était vraisemblablement situé près de l'église actuelle.
Saint-Jean était une châtellenie d'ancienneté et possédait un droit de haute justice ; il s'agissait d'un démembrement de la baronnie de Vitré. Il existait d'ailleurs six manoirs (le Grand-Montfourcher, le Petit-Montfourcher, la Marchais, Cornillé ou Montchevron, la Meule et la Célinais) et un château (la Dobiaye) sur le territoire de Saint-Jean-sur-Couesnon.
