La commune de Saint-Jean-sur-Couesnon est l'une de celles de la communauté de communes qui présente la plus grande diversité au niveau des matériaux de construction utilisés. Les matériaux les plus fréquemment utilisés dans l'architecture de cette commune sont le granite, le schiste, le grès et la terre. Ces matériaux sont utilisés sous des formes différentes et selon des techniques qui varient. De plus, ils ne sont pas utilisés pour les mêmes parties des constructions.
Ainsi, le gros-oeuvre des bâtiments est le plus souvent réalisé en moellon de schiste et de grès. Ce mélange de schiste et de grès est présent sur tout le territoire de la commune hormis dans le village et dans la partie nord-ouest du territoire où le granite est utilisé sous forme de moellon pour la réalisation du gros oeuvre. Ces différences de nature de pierre pour la réalisation du gros-oeuvre des bâtiments témoignent de la nature du sous-sol qui est également différente d'un endroit à l'autre du territoire de la commune. Le sous-sol de la partie nord-ouest, proche de Mézières-sur-Couesnon et Vieux-Vy-sur-Couesnon est en effet granitique contrairement au reste du territoire de la commune où le sous-sol est composé de schiste et de grès. Dans tous les cas, que la maçonnerie soit réalisée en schiste, en grès ou en granite, les encadrements de baies et chaînages d'angles sont traités en pierre de taille de granite. De même pour la cheminée qui est le plus souvent réalisée en granite. Ces éléments, encadrements de baies et cheminées, témoignent du grand soin accordé à certaines parties de l'architecture puisque même sur des logis très modestes (une seule pièce à feu surmontée d'un grenier), les encadrements de baies témoignent toujours d'un soin particulier. C'est le cas à Maigresset, à Saint-Martin ou au Tertre par exemple où des logis de taille modeste, parfois situés dans des alignements, possèdent des encadrements de baies traités avec un soin extrême : portes en plein cintre, encadrements de fenêtre chanfreinés, décor d'accolades sur les linteaux, appuis saillants... La terre est un autre matériau utilisé dans la construction des bâtiments anciens de la commune. Cet usage témoigne de la nature du sous-sol, pauvre en pierre, en certains points du territoire de la commune. La terre est utilisée sous deux formes et selon deux techniques. La première est la bauge : technique consistant à élever un mur en terre par levées successives de 50 à 80 centimètres de haut. Cette technique de construction est fréquente dans le bassin de Rennes (secteur où les autres matériaux de construction sont absents dans le sous-sol), mais demeure exceptionnelle sur ce territoire. Il existe quelques bâtiments construits en bauge, notamment à la Bernangère. Enfin, la terre peut-être utilisée comme matériau de remplissage dans les bâtiments construits en pans de bois (structure réalisée en bois avec usage de torchis : terre et paille comme matériau de remplissage. Le torchis est maintenu par des quenouilles : baguettes en bois, le plus souvent en châtaignier). Les bâtiments entièrement réalisés en pans de bois sont plutôt des dépendances dans la commune de Saint-Jean-sur-Couesnon. Il en existe à Maigresset ou encore à la Couasnière. Toutefois, le pan de bois est également utilisé sur des bâtiments d'habitation, mais seulement partiellement, le plus souvent pour la réalisation des têtes de pignon sur les bâtiments les plus anciens.
L'usage d'un matériau de construction plutôt qu'un autre ne semble pas lié dans la commune à une époque de construction. L'usage d'un matériau de construction est réellement dépendant de la nature du sous-sol local. Ainsi, il existe par exemple des bâtiments du 17e siècle construits en granite, d'autre en schiste et grès et d'autres encore présentent des parties réalisées en pans de bois.