L'ancien prieuré était connu sous le Vocable saint Pierre saint Paul. il s'agissait d'un édifice du 12e siècle, partiellement reconstruit en 1660 (façade) et en 1782 (partie du chœur), puis détruit. Aujourd'hui, il ne reste que la porte de la nef du 12e siècle. Ainsi, au milieu du cimetière, nous pouvons encore contempler une porte romane, seul vestige de l'ancienne église de Marcillé-Raoul. Cette porte fut classée Monument historique en 1921. Le prieuré joignait l'église, il s'appelait en 1645 la Maison Blanche. A côté de l'église était la Fontaine Saint-Pierre et le Champs-aux-Moines. L'ancien prieuré de Marcillé-Raoul, aujourd'hui disparu, était jadis membre de l'abbaye de Saint-Melaine de Rennes. Les religieux de Saint-Melaine possédaient Marcillé dès le 12e siècle, car l'un d'eux, nommé Harcoid, est appelé prieur de Marcillé vers l'an 1160, et en 1185 le pape Luce III confirma l'abbaye de Saint-Melaine dans la possession de l'église de Marcillé-Raoul, « ecclesiam de Marcilliaco » ; le prieuré était donc fondé dès cette époque, mais il fut augmenté en 1208 par Robert, seigneur d'Apigné, qui donna à Geffroy, abbé de Saint-Melaine, une terre en Marcillé-Raoul avec ses dépendances, à condition qu'il ferait dire tous les jours par un de ses religieux une messe pour le salut de son âme, et qu'il donnerait chaque jour un pain aux pauvres jusqu'au jour de son décès. Une transaction eut lieu en 1263 entre les moines de Saint-Melaine et ceux de Rillé, par rapport aux dîmes de Marcillé-Raoul ; les premiers s'obligèrent à fournir chaque année aux seconds 10 mines de froment rouge et 8 deniers. En 1367, Jean, abbé de Saint-Melaine, fonda une messe quotidienne dans son église abbatiale, à l'autel Saint-Blaise, et donna pour le service à ses moines le prieuré de Marcillé-Raoul avec toutes ses dépendances, à la condition néanmoins que ses revenus serviraient également au vestiaire pour procurer des habits aux religieux. Guillaume, évêque de Rennes, approuva cette donation le 7 août 1386, et le pape Jean XXIII la confirma en 1411, en unissant toutefois le prieuré de Marcillé-Raoul à la sacristie de l'abbaye. Le prieuré de Marcillé-Raoul se composait, en 1645, de la maison de la métairie, appelée Maison-Blanche, avec grange, cour et jardin, le tout joignant le cimetière et l'église, et de dix pièces de terre ; il comprenait, de plus, toutes les dîmes, divisées en quatre traits appelés les traits du Plessix, d'Estain, du Fresnay et de Cosmou, sur lesquels on payait au vicaire perpétuel ou recteur de Marcillé-Raoul, pour portion congrue, le tiers du blé recueilli. Il fallait également donner 10 mines de froment à l'abbaye de Rillé, 6 livres 19 sols 8 deniers à l'évêque de Rennes et 60 livres au chapelain chargé d'acquitter trois messes basses par semaine dues par les religieux dans l'église paroissiale de Marcillé-Raoul. A cette époque, le prieuré de Marcillé était affermé 700 livres ; mais M. de la Fosse le prit à ferme en 1777 au prix de 1 500 livres par an.