Les marais salants sont créés à Séné au début du 18e siècle par le chapitre cathédrale de Vannes qui obtient du roi, en 1721, la concession des terres vagues situées le long de la côte est de Séné. Le chapitre commence donc à aménager des salines dans ce secteur en 1725 avec l´aide de paludiers émigrants des marais salants de Guérande. L´industrie du sel se révèle rapidement très lucrative. Le territoire en est profondément transformé avec la mise en place de digues, de greniers à sel pour stocker celui-ci avant son exportation. Les salines, devenues biens nationaux sous la Révolution, sont rachetées en 1791 par des particuliers propriétaires terriens. Afin de recouvrer l´impôt sur le sel qui s´applique depuis 1806 à la Bretagne et prévenir la fraude, l´État impérial décide de construire dans les années 1800 trois casernes de douaniers permettant de percevoir les droits et de loger les agents, ainsi que des guérites de douaniers servant à la surveillance du trafic maritime. Suite à la crise salicole qui se développe au cours de la seconde moitié du 19e siècle (liée notamment à la concurrence de la production des Salins du Midi), les marais salants artisanaux de Séné perdent progressivement de leur valeur, si bien qu´à partir de la fin du 19e siècle, les négociants et les propriétaires terriens vendent leurs marais aux agriculteurs et aux paludiers. L´activité s'étiole. Les casernes de douaniers sont vendues ; seule subsiste aujourd´hui la caserne des douaniers des Quatre-Vents, la plus importante de Séné. Le dernier paludier cesse toute activité en 1951. C´est à ce moment que les ornithologues s´intéressent au potentiel des marais salants laissés en friche, qui offrent une diversité d´habitats pour les oiseaux. En 1979, grâce à l´excédent des dons destinés à secourir les oiseaux victimes du mazoutage provoqué par le naufrage du pétrolier Amoco Cadiz, la Société pour l´Étude et la Protection de la Nature en Bretagne achète d´anciens marais salants à M. Quester (habitant du village de Falguérec). Une réserve ornithologique ouvre en 1982 sur l´ensemble des anciens marais, à l´exception de leur partie septentrionale. Elle a deux objectifs : faire connaître les oiseaux et faire découvrir les héritages patrimoniaux présents sur l´espace salicole oriental de Séné.