Au 16e siècle, deux édifices de culte sont mentionnés au nord du presbytère : l’église paroissiale et la chapelle Sainte-Marguerite, connue dès le 11e siècle. En 1845, le style architectural de l’ancienne église paroissiale est critiqué : « L’église du Sel n’est remarquable que par sa difformité ». Entre 1860 et 1862, la chapelle et l'église sont détruites, la construction d’une nouvelle église paroissiale étant motivée par la modernisation du bourg du Sel.

L’emplacement de l’église est soumis à enquête publique. L'idée de construire le nouvel édifice sur l'emplacement de l'ancien est écartée, du fait de la difficulté d’orientation. La parcelle située rue Lamartine est rejetée en raison de son éloignement au bourg. L’église paroissiale est ainsi construite rue Duguesclin, entre 1862 et 1868. Les plans de l’architecte Edouard Brossais Saint-Marc sont proches de ceux dressés par Charles Langlois un an auparavant. Les pierres proviennent en partie des deux anciens bâtiments religieux.