Selon Mgr Kerlévéo (Paimpol et son terroir, cité par Christophe Renault, cf. références documentaires), une première école de "navigation" existe à Paimpol, dès 1824. Elle était installée rue de l'Yser, puis avenue Chateaubriand, puis rue Général Leclerc, vers 1900-1905. Elle a été transformée en hôpital militaire pendant la Première Guerre mondiale.

L'école d'hydrographie proprement dite a été construite, selon les plans donnés par l'architecte briochin Léon Cosson, à la fin de l'année 1921. Elle a ouvert en 1923 et a été agrandie d'un atelier pour les cours de mécaniciens, vers 1938. Au début des années 1950, les enseignants obtiennent la création de logements de fonction, dans un proche château construit au 19e siècle sur les terrains de l'ancien manoir de Toulgoïc (ou Poulgoïc). Devenue École nationale de la marine marchande, elle s'installe, en 1962, dans des bâtiments neufs, à l'emplacement du château de Poul Goïc (détruit), appartenant à Mme Jules Gicquel. Ces constructions hébergent aujourd'hui le lycée professionnel maritime Pierre Loti.

L'école, ouverte en 1923, a été décorée de grandes peintures de Pierre Dubreuil, Jean Frélaut et Jean-Émile Laboureur en 1938. Sept toiles peintes par ce dernier ont été classées au titre des monuments historiques (objets mobiliers), le 22 juillet 1983 - une de Jean Frélaut a été inscrite, le 10 janvier 1992. Plusieurs d'entre elles ont intégré les collections de la Ville de Paimpol. Certaines sont exposées au musée de la mer de la commune. Ces décors témoignent de la volonté du Front populaire d'encourager l'art et les artistes victimes de la crise économique. Ces trois peintres régionaux expriment dans un langage moderne, dégagé de l'académisme, accessible à tous, des thèmes maritimes familiers aux élèves qui fréquentent les lieux.

Le Musée de la Mer de Paimpol a investi les locaux pendant quelques années. Ils sont désormais occupés par le Centre nautique des Glénans qui les a aménagés : accueil, ateliers, dortoirs. LE CNG (Centre Nautique des Glénans) gère encore aujourd'hui ces bâtiments rénovés.

"L'Hydro" a formé des générations de marins de commerce, en particulier des officiers de la marine marchande. Avant la construction d'un internat, les élèves logeaient chez l'habitant. Selon la tradition orale, ils animaient la ville de Paimpol et le bal annuel de "l'Hydro" était l'occasion de rencontres et de fiançailles avec les jeunes paimpolaises.