Le fort Lacroix fait partie des ouvrages construits lors de la campagne de fortification des côtes de l'île de Groix entreprise en 1744. Il protège le mouillage et la plage orientaux de l'île. C'est alors une batterie semi-circulaire pour quatre canons de 24 livres, six de huit livres et un mortier fermée à la gorge par un mur crénelé organisé en front bastionné précédé d'une demi-lune terrassée. Un bâtiment en arc de cercle sert à la fois de magasin, de corps de garde et de réduit défensif. L'ouvrage est de nouveau occupé pendant la guerre de Sept Ans et les guerres de la Révolution et de l'Empire. En 1803 il est armé de trois canons de 24 livres, un mortier de 10 pouces et un mortier de 12 pouces. Un four à réverbère pour le tir à boulets rouges est construit en 1793.
Dès la fin du 18e siècle, l'opportunité de doter l'île de Groix d'un grand fort lui servant de réduit est envisagée. La position occupée par le fort Lacroix est jugée plus favorable que les abords de Port-Tudy par le général de Marescot en 1808 et par la commission des côtes de 1811. Rien n'est entrepris avant la chute de l'Empire.
Les commissions de défense de 1818 et 1835 se prononcent à nouveau pour la construction d'un réduit pour l'île de Groix. La seconde propose l'agrandissement du fort Lacroix. La "Commission d'armement des côtes de la France, de la Corse et des îles" de 1841 reprend cette proposition. Elle attribue au fort trois canons de 30 livres et huit obusiers de 22 cm pour interdire le mouillage et les plages de débarquement : huit dans une nouvelle batterie basse et trois (réduit à deux en 1863) dans une batterie haute - l'ancienne batterie du 18e siècle. Des pièces légères sont affectées à la défense rapprochée. Pour loger les 50 canonniers et 100 fantassins de la garnison, la commission demande la construction d'une nouvelle caserne. Après rejet des premiers projets présentés en 1845, le Comité des fortifications adopte le tracé d'un fort quadrangulaire intégrant l'ancienne batterie semi-circulaire comme l'un de ses bastions, et doté d'une caserne de gorge à l'épreuve.
Les travaux commencent en 1846 par la construction de la batterie basse, la réorganisation de la batterie haute et l'excavation des fossés. L'enceinte et la caserne sont achevés en 1849. En 1851 les travaux prennent fin après la construction du magasin à poudre.
Le fort est conservé comme ouvrage de côte par la commission de défense des côtes en 1874 et subit des travaux de modernisation vers 1880. De nouveaux projets de modernisation sont étudiés au début des années 1890 sans que leurs résultats soient connus. En 1900, le fort est armé de cinq canons de 24 cm modèle 1876 et deux canons de 16 cm sur affûts de côte, et 3 canons de 7 de Reffye et quatre canons de 95 mm sur affûts de campagne. Cet armement n'est plus en place en 1904.
Gênant le champ de tir des pièces lourdes et menacé par leur souffle, le phare est supprimé en 1898.
Pendant la Première Guerre mondiale, le fort sert de camp d'internement pour les ressortissants des Empires centraux. Un poste de défense contre les sous-marins (PDCSM) armé de deux canons de 95 mm sur affûts de côte est mentionné en 1918.
Le fort est remis à la Marine en 1932. Un poste d'observation bétonné est construit dans l'entre-deux-guerres.
En 1939-1940 un service de guet aérien est assuré au fort Lacroix. Les Allemands l'utilisent de nouveau comme camp de prisonniers et l'intègrent dans leur dispositif fortifié de la côte est de l'île de Groix. En 1945, des soldats allemands y sont internés.
Le fort est actuellement propriété de la ville de Colombes qui l'utilise comme colonie de vacances depuis 1946.
Historien, président de l'Association "1846, La fortification du 19e siècle : connaître et partager".